當(dāng)藥物研發(fā)遇上阿里云超算,GHDDI如何實(shí)現(xiàn)高通量分子篩選?
2020年6月1日凌晨,武漢市衛(wèi)健委發(fā)布通告稱,5月31日,武漢市對6萬余人進(jìn)行了核酸檢測,未發(fā)現(xiàn)無癥狀感染者。這是武漢市公布無癥狀感染者人數(shù)以來,首次無癥狀感染者當(dāng)日新增為零,國內(nèi)抗疫取得又一關(guān)鍵的階段性成果。
然而,全球范圍內(nèi)的新冠疫情對社會(huì)經(jīng)濟(jì)活動(dòng)帶來的影響還在持續(xù),尋找行之有效的治療方案仍是全球科學(xué)家當(dāng)下重要的任務(wù)。4月中旬接受央視記者白巖松采訪時(shí),比爾·蓋茨曾特別提及:“GHDDI的研發(fā)團(tuán)隊(duì)將幫助世界更好地理解并對抗疫情!边@家創(chuàng)立于2016年的獨(dú)立運(yùn)營、非營利性質(zhì)新藥研發(fā)機(jī)構(gòu),再次以如此高調(diào)的方式進(jìn)入公眾視野。
GHDDI,全稱全球健康藥物研發(fā)中心(Global Health Drug Discovery Institute),由比爾及梅琳達(dá)·蓋茨基金會(huì)、清華大學(xué)和北京市政府聯(lián)合發(fā)起成立于中國北京。清華大學(xué)藥學(xué)院院長、拜耳特聘教授丁勝教授擔(dān)任中心主任。通過匯聚全球頂尖資源、發(fā)揮中國特色優(yōu)勢,GHDDI致力于建設(shè)引領(lǐng)性的生物醫(yī)藥研發(fā)能力和創(chuàng)新藥物轉(zhuǎn)化平臺(tái),攻克人類面臨的重大疾病挑戰(zhàn),改善全球健康。
與GHDDI一同抗疫的,還有阿里云。1月29日,阿里云宣布對全球公共科研機(jī)構(gòu)免費(fèi)開放一切AI算力,以支持抗疫。在此之前,阿里云高性能計(jì)算平臺(tái)就開始免費(fèi)支持GHDDI研究新冠病毒。
早在新冠肺炎疫情爆發(fā)之初的2020年1月,GHDDI即宣布會(huì)同清華大學(xué)藥學(xué)院向全球科研人員免費(fèi)開放了包括高通量藥物篩選平臺(tái)和多個(gè)化合物庫在內(nèi)的內(nèi)部研發(fā)平臺(tái)和藥研資源。隨后,數(shù)以百計(jì)的海內(nèi)外科研機(jī)構(gòu)和研究團(tuán)隊(duì)基于GHDDI的開放資源進(jìn)行針對新冠肺炎病毒的藥物、疫苗開發(fā)。
藥物篩選平臺(tái)和內(nèi)部藥研資源開放的兩天后,GHDDI人工智能研發(fā)團(tuán)隊(duì)就上線了針對新冠病毒研究的一站式科研數(shù)據(jù)與信息共享平臺(tái) “Targeting COVID-19”。據(jù)了解,“Targeting COVID-19”平臺(tái)從設(shè)計(jì)到搭建完成,耗時(shí)僅4天。此外,GHDDI聯(lián)合阿里云共同搭建新冠病毒人工智能全球共享云計(jì)算系統(tǒng),用頂尖的數(shù)據(jù)庫和高性能的超算資源助力全球抗疫的創(chuàng)新探索。
高通量:快速鎖定新冠病毒潛在靶點(diǎn)
1月21日,全國已有13個(gè)省市相繼出現(xiàn)新冠肺炎確診病例,疫情加劇。同時(shí),新冠病毒基因組序列公開發(fā)布。
在阿里云高性能計(jì)算負(fù)責(zé)人何萬青的詢問下,GHDDI人工智能部門負(fù)責(zé)人潘麓蓉博士比對了新冠病毒和SARS病毒的相似度。意識(shí)到這種病毒的潛在威脅,GHDDI決心投入資源幫助對抗新冠病毒。
實(shí)際上,GHDDI在1月即模擬了幾乎全部新冠病毒相關(guān)靶點(diǎn)的三維結(jié)構(gòu),并完成全面的同源性、傳染性相關(guān)分析,快速鎖定在后續(xù)藥物開發(fā)、抗體設(shè)計(jì)中發(fā)揮關(guān)鍵作用的抗原靶點(diǎn)。確定關(guān)鍵靶點(diǎn)后,GHDDI公布前期研究數(shù)據(jù)供外部團(tuán)隊(duì)進(jìn)行藥物開發(fā)的同時(shí),也開展了基于計(jì)算模型的虛擬藥物分子篩選。
動(dòng)脈網(wǎng)從GHDDI相關(guān)負(fù)責(zé)人處了解到,GHDDI藥研團(tuán)隊(duì)聚焦“老藥新用”思路,對現(xiàn)有超過9000種抗病毒活性小分子和內(nèi)部ReFRAME化合物庫(內(nèi)含12000多種臨床安全的化合物)進(jìn)行構(gòu)效關(guān)系和歷史數(shù)據(jù)分析,篩選出幾百個(gè)高概率具有抗擊新冠病毒活性的小分子。至此,GHDDI始終秉持開源的態(tài)度,將科研數(shù)據(jù)和基于此間數(shù)據(jù)構(gòu)建的各級(jí)抗原靶點(diǎn)表型分析模型對外發(fā)布,供全球科研群體開展后續(xù)的成藥性相關(guān)研究。
新冠病毒疫情的背景下,資源和研究成果共享無疑能極大的加速研究者的進(jìn)展,避免重復(fù)工作。
我們知道,藥物研發(fā)是一個(gè)非常復(fù)雜和耗時(shí)的過程。在化合物發(fā)現(xiàn)階段,傳統(tǒng)方法是通過大量實(shí)驗(yàn)完成篩選,發(fā)現(xiàn)可能適合的化合物。以確定與蛋白病毒酶結(jié)合的小分子為例,由于存在數(shù)量巨大的不同商業(yè)化合物庫,且每個(gè)庫的化合物數(shù)以百萬計(jì),合計(jì)上億,完全依靠實(shí)驗(yàn)方式一一測試幾乎不可能實(shí)現(xiàn)。

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