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對(duì)話清華大學(xué)王宏偉教授:冷凍電鏡石墨烯載網(wǎng)的科研探索和技術(shù)轉(zhuǎn)化

2022-11-11 13:56
來源: 粵訊

編者按:

在我國過去五年的工作和新時(shí)代十年的偉大變革進(jìn)程中,有多個(gè)領(lǐng)域取得重大成果,進(jìn)入創(chuàng)新型國家行列,生物醫(yī)藥赫然在列。2011年,中國開始籌建國家蛋白質(zhì)科學(xué)研究設(shè)施,清華大學(xué)作為該設(shè)施的重要基地之一,在過去十年里建成了世界上領(lǐng)先的冷凍電鏡平臺(tái)。借助這一優(yōu)勢,中國科學(xué)家們?nèi)〉昧吮姸嗯e世矚目的成就。

2011年,中國開始籌建國家蛋白質(zhì)科學(xué)研究設(shè)施,清華大學(xué)作為該設(shè)施的重要基地之一,在過去十年里建成了世界上領(lǐng)先的冷凍電鏡平臺(tái)。借助這一優(yōu)勢,中國科學(xué)家們?nèi)〉昧吮姸嗯e世矚目的成就。

雖然已經(jīng)成為結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域不可或缺的技術(shù)手段,但冷凍電鏡技術(shù)仍然面臨著一些瓶頸,其中一個(gè)重要瓶頸是冷凍樣品的制備。冷凍樣品的制備需要將含有生物大分子的溶液加到電鏡載網(wǎng)上,然后將生物大分子瞬間冷凍在一層大約幾十納米厚的玻璃態(tài)冰層中。但目前通用的樣品制備支撐膜容易導(dǎo)致生物大分子吸附到氣液界面,從而發(fā)生分子結(jié)構(gòu)變性等問題,使研究者難以解析到高分辨率的生物大分子結(jié)構(gòu)。

如今,隨著石墨烯載網(wǎng)的大規(guī)模應(yīng)用,逐漸攻克了這一瓶頸。石墨烯具有高機(jī)械強(qiáng)度、高導(dǎo)電/熱、厚度可達(dá)原子級(jí)等特性,是作為電鏡樣品支持膜的理想材料。

在北京大學(xué)彭海琳?qǐng)F(tuán)隊(duì)的支持下,王宏偉帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)與其合作發(fā)明了功能化單晶石墨烯新型電鏡載網(wǎng),大大降低了冷凍電鏡成像過程中支撐膜所產(chǎn)生的背景噪音,增強(qiáng)信噪比,也提高了生物大分子結(jié)構(gòu)解析的效率。石墨烯載網(wǎng)的應(yīng)用與推廣,無疑是生物學(xué)發(fā)現(xiàn)史上具有里程碑意義的事件。

2017年,王宏偉聯(lián)合創(chuàng)立水木未來,并將石墨烯載網(wǎng)進(jìn)行科研成果轉(zhuǎn)化。目前,水木未來推出擁有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的冷凍電鏡石墨烯載網(wǎng)GraFutureTM,這項(xiàng)技術(shù)已為幾十家創(chuàng)新藥企和科研機(jī)構(gòu)提供了結(jié)構(gòu)生物學(xué)和藥物發(fā)現(xiàn)服務(wù),并反哺了實(shí)驗(yàn)室的科學(xué)研究進(jìn)展。

“首先是科學(xué)家”“始終是科學(xué)家”,這是王宏偉在采訪中給筆者留下的最深刻印象,也是王宏偉開展一切工作的底層邏輯。不為商業(yè)化而商業(yè)化,這樣的理念讓水木未來商業(yè)平臺(tái)有著更純粹的初衷,更大的行業(yè)影響力,以及更廣闊的前景。

除了科學(xué)家,王宏偉的另一個(gè)身份是老師。談及人才培養(yǎng),王宏偉直言,人才培養(yǎng)和保持先進(jìn)性密切相關(guān),要培養(yǎng)和鼓勵(lì)不囿于常規(guī)、敢于挑戰(zhàn)未知、敢于挑戰(zhàn)難題的人才。而不囿于常規(guī),敢于挑戰(zhàn)未知,敢于挑戰(zhàn)難題,也正是王宏偉科研之路的真實(shí)寫照。

對(duì)話清華大學(xué)王宏偉教授:冷凍電鏡石墨烯載網(wǎng)的科研探索和技術(shù)轉(zhuǎn)化

清華大學(xué)王宏偉教授

近日,筆者與這位中國石墨烯載網(wǎng)研究領(lǐng)航者進(jìn)行了一次面對(duì)面交流,聽他講解冷凍電鏡石墨烯載網(wǎng)對(duì)生物結(jié)構(gòu)、以及生命本質(zhì)的意義。以下為交流內(nèi)容:

什么是冷凍電鏡?

作為一種獲得諾貝爾獎(jiǎng)的成像技術(shù),冷凍電子顯微鏡(以下簡稱“冷凍電鏡”)使科學(xué)家以亞納米分辨率觀察生物分子成為可能。

獅刀:什么是冷凍電鏡,冷凍電鏡在藥物發(fā)現(xiàn)中的作用是什么?

王宏偉教授:在我們用電子顯微鏡觀察生物樣品時(shí),由于電子顯微鏡里用來成像的電子束是一種高能的帶電粒子,它對(duì)生物樣品會(huì)產(chǎn)生輻照損傷,同時(shí),電子顯微鏡里的真空環(huán)境會(huì)使圍繞分子的水蒸發(fā),從而導(dǎo)致樣品變質(zhì),使研究者無法得到接近天然狀態(tài)的分子解構(gòu)。而冷凍是保護(hù)樣品免受這些極端條件影響的方法。把生物樣品凍到液氮的溫度之下,保持樣品盡量接近它的天然狀態(tài),再把冷凍樣品放在冷凍電鏡里拍攝高質(zhì)量的電子顯微鏡的照片,這就是冷凍電鏡的原理和優(yōu)勢。

所有藥物在人體中發(fā)揮作用的原理,都是作用于細(xì)胞上特異的某些生物分子上,這種特異性的相互作用,就是藥物分子和靶點(diǎn)分子之間的特異性相互作用。如何了解這種特異性相互作用的本質(zhì)和原理?就像研究鑰匙和鎖的相互作用一樣,一把鑰匙開一把鎖,鑰匙的形狀和鎖孔的形狀一定要匹配,而且匹配度要足夠高,鑰匙才能夠把鎖打開。

冷凍電鏡作為結(jié)構(gòu)生物學(xué)的一個(gè)重要方法,在解析藥物分子和靶點(diǎn)相互作用方面是比較容易的,也是相對(duì)比較迅速的,這對(duì)設(shè)計(jì)更有效的藥物分子非常有幫助。甚至在我們知道鎖孔的結(jié)構(gòu),但還沒有鑰匙的時(shí)候,就可以根據(jù)鎖孔的結(jié)構(gòu)去反過來設(shè)計(jì)鑰匙,這就是基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì),這也是結(jié)構(gòu)生物學(xué)和冷凍電鏡技術(shù)在藥物發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域的重要作用。在藥品研發(fā)領(lǐng)域,冷凍電鏡的應(yīng)用場景是比較多的,包括但不限于原研新藥的發(fā)現(xiàn)和對(duì)現(xiàn)有藥物改造。

幾年前我們和Brian Kobilka共同在 Nature chemical biology上發(fā)表的一個(gè)研究,通過冷凍電鏡,我們看到了右美托咪定小分子與GPCR相互作用的方式。我們可以根據(jù)高分辨率的結(jié)構(gòu)對(duì)右美托咪定小分子進(jìn)行進(jìn)一步改造,未來,可能會(huì)研發(fā)出更有效的麻醉劑,無論是它的特異性還是副作用,都可能進(jìn)一步減少。

獅刀 :清華冷凍電鏡平臺(tái)在全球地位如何,我們擁有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的冷凍電鏡技術(shù)意味著什么?

王宏偉教授 :在本世紀(jì)頭十年,冷凍電鏡還是一門不被完全看好的小眾技術(shù),而正是在這一時(shí)期,清華決定起步建設(shè)冷凍電鏡平臺(tái),為中國生命科學(xué)的發(fā)展贏得了寶貴先機(jī),F(xiàn)在看來,這是一個(gè)非常重要的決定,對(duì)于我國在冷凍電子顯微學(xué)領(lǐng)域處于世界領(lǐng)先地位,發(fā)揮了十分重要的作用。

目前,從儀器設(shè)備的規(guī)模和服務(wù)的實(shí)驗(yàn)室產(chǎn)出效益上來講,我們冷凍電鏡平臺(tái)是全球最大的冷凍電鏡平臺(tái)之一,在世界上頗具競爭力。這也不是清華一所院校的功勞,在這個(gè)過程中,我們獲得了其他團(tuán)隊(duì)的支持,在硬件和軟件兩方面都有一系列的自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)技術(shù),這為成果轉(zhuǎn)化創(chuàng)造了條件,也加速了成果轉(zhuǎn)化的進(jìn)程。

比如,石墨烯材料方面,我們有北京大學(xué)彭海琳教授團(tuán)隊(duì)的支持;在軟件方面,我們自主開發(fā)了電鏡的算法和軟件工具,包括數(shù)據(jù)收集、結(jié)構(gòu)解析和建模的完整工作流,其中雷建林教授、李雪明教授都在開發(fā)軟件和算法上也都做出了卓越貢獻(xiàn)。這個(gè)平臺(tái)是團(tuán)隊(duì)合作的成果,也證明了我國自主研發(fā)的實(shí)力。進(jìn)入科研成果轉(zhuǎn)化階段,水木未來公司的CryoSMART冷凍電鏡自動(dòng)化軟件平臺(tái)在此基礎(chǔ)上進(jìn)一步結(jié)合AI,大幅提升了效率和使用體驗(yàn),相信能夠?yàn)槲磥斫Y(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域的核心科研軟件國產(chǎn)化、全面提升國家生物學(xué)數(shù)據(jù)安全做出實(shí)質(zhì)貢獻(xiàn)。

獅刀:目前,冷凍電鏡的應(yīng)用面臨著哪些瓶頸?

王宏偉教授:冷凍電鏡目前仍然面臨著一些關(guān)鍵的挑戰(zhàn),如氣液界面、背景噪音太強(qiáng)、成像過程中輻照損傷、樣品顆粒抖動(dòng)和優(yōu)勢取向等,使得該技術(shù)解析分子量較小、結(jié)構(gòu)柔性、性質(zhì)敏感、易于變性的生物大分子結(jié)構(gòu)仍然非常困難。

其中一個(gè)重要的瓶頸就是冷凍樣品的制備。樣品是含水的,但水不能太厚也不能太薄,如果水太厚,噪音就會(huì)很大,分子的信號(hào)就會(huì)被水層淹沒;如果水太薄,薄得比分子水層還薄,分子就會(huì)暴露到水膜外,從而改變分子的自然狀態(tài)。因此,水膜的最佳厚度就是比我們要研究的生物大分子的尺寸剛好大一點(diǎn)點(diǎn),也就是說,這層要把這層水膜做得盡量薄,而蛋白質(zhì)又不會(huì)碰到氣液界面,這種“剛剛好”的狀態(tài),是很不容易獲得的。

新載網(wǎng)掀起“效率革命”

獅刀:基于石墨烯開發(fā)的新型電鏡載網(wǎng),是如何推動(dòng)冷凍電鏡技術(shù)效率提升的?

王宏偉教授:石墨烯具有高機(jī)械強(qiáng)度、高導(dǎo)電/熱、厚度可達(dá)原子級(jí)(~0.3nm)等特性,是非生物樣品和含水生物樣品支持膜的理想材料。

石墨烯載網(wǎng)表現(xiàn)出三大優(yōu)勢:一是由于石墨烯薄到幾乎透明,所以不管對(duì)于何種樣品,石墨烯載網(wǎng)都會(huì)提供很好的支撐,并讓樣品保持非常高的自然狀態(tài);二是對(duì)于生物樣品來說,石墨烯載網(wǎng)可以有效地避免生物大分子接觸氣液界面,從而使樣品保持自然狀態(tài)。三是石墨烯載網(wǎng)可以提高樣品制備的成功率,雖然電子顯微鏡還是同樣的電子顯微鏡,但由于石墨烯載網(wǎng)具有更低的背景噪音以及電子束誘導(dǎo)的樣品漂移,讓樣品呈現(xiàn)更均勻分布等優(yōu)勢,有效提高了樣品制備過程的可重復(fù)性,通過縮短樣品制備過程中每個(gè)步驟的時(shí)間,石墨烯載網(wǎng)的應(yīng)用大大提高了結(jié)構(gòu)解析的效率。

獅刀:您身為一名科學(xué)家,對(duì)于這項(xiàng)技術(shù)從實(shí)驗(yàn)室走到產(chǎn)業(yè)應(yīng)用的過程中,有哪些心得?

王宏偉教授:盡管我協(xié)助創(chuàng)立了水木未來,但我感興趣的事情一直在是做科學(xué)發(fā)現(xiàn)和新技術(shù)的探索。之所以創(chuàng)立公司,一是對(duì)這項(xiàng)技術(shù)的需求量確實(shí)很大;二是我們的冷凍電鏡技術(shù)已經(jīng)成熟到可以商業(yè)化了。

早在七八年前,就有很多制藥廠、生物技術(shù)公司希望能夠與我們合作,利用我們的平臺(tái)解析一些藥物靶點(diǎn)的結(jié)構(gòu),去做新藥的發(fā)現(xiàn)。但學(xué)?蒲衅脚_(tái)的主要目的是服務(wù)于科學(xué)發(fā)現(xiàn),如果太多地服務(wù)于商業(yè),就會(huì)把服務(wù)于科學(xué)發(fā)現(xiàn)的這些資源消耗掉。因此,我們積極地推動(dòng)水木未來的成立,目的就是希望我們既能為行業(yè)和企業(yè)提供商業(yè)服務(wù),又可以不占用學(xué)校的資源。

至于這個(gè)目的能否實(shí)現(xiàn),以及能實(shí)現(xiàn)到什么程度,在2017年創(chuàng)立水木未來時(shí),我本沒有任何明確預(yù)期,F(xiàn)在回過頭來看,在水木未來CEO郭春龍的帶領(lǐng)下,企業(yè)的成長和發(fā)展已經(jīng)遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出了我的預(yù)期。

今天,水木未來已經(jīng)能夠?yàn)楹芏嗥髽I(yè)用戶、科研機(jī)構(gòu)用戶提供服務(wù),并且能夠做出高質(zhì)量的結(jié)構(gòu)解析,可以說,當(dāng)年創(chuàng)立水木未來時(shí)的初衷已經(jīng)基本實(shí)現(xiàn)。但是作為科學(xué)家,我感興趣的并非商業(yè),仍然是如何把技術(shù)做得更好、效率更高。就石墨烯載網(wǎng)研究來說,我們已經(jīng)做出了很多新的不同工藝制備的多種石墨烯載網(wǎng),F(xiàn)在,我依然在實(shí)驗(yàn)室里開展新的研究和新的技術(shù)發(fā)明,未來,當(dāng)這些技術(shù)成熟時(shí),希望可以看到它們繼續(xù)在水木未來進(jìn)行轉(zhuǎn)化,為行業(yè)和企業(yè)提供更好的技術(shù)服務(wù)和支持。

獅刀:在對(duì)結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域人才梯隊(duì)的培養(yǎng)方面,您有什么規(guī)劃?

王宏偉教授:人才梯隊(duì)的培養(yǎng)跟保持科學(xué)研究的先進(jìn)性是密切相關(guān)的。我們應(yīng)該始終保持培養(yǎng)最有創(chuàng)新意識(shí)、創(chuàng)新決心和創(chuàng)新能力,敢于挑戰(zhàn)難題和未知,兼具提出問題能力和解決問題能力的人才,讓這些人才脫穎而出,并在科學(xué)研究中有所建樹。以我們結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域?yàn)槔,?duì)冷凍電鏡技術(shù)及其新原理的探索、應(yīng)用冷凍電鏡做復(fù)雜結(jié)構(gòu)的解析,以及對(duì)一些重要的生物學(xué)靶點(diǎn)、生物學(xué)通路機(jī)理的分析等工作,都需要這些人才發(fā)光發(fā)熱。

人物名片:

王宏偉,清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院院長,生命科學(xué)與醫(yī)學(xué)研究院院長,黨委教師工作部部長、人事處處長、人才資源開發(fā)辦公室主任。主要研究方向?yàn)槔鋬鲭婄R方法學(xué)開發(fā)、細(xì)胞骨架和生物膜系統(tǒng)的協(xié)調(diào)機(jī)制、核酸質(zhì)量控制的分子機(jī)制和調(diào)控。曾獲國家杰出青年科學(xué)基金資助,獲北京市師德榜樣、北京市優(yōu)秀教師等。

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