?腫瘤早篩的前瞻性研究
Biotech行業(yè)一直有句俗話,“只有政策下的行業(yè),沒有行業(yè)下的政策”。在這個(gè)資本市場的寒冬,利好政策的推出像冬天里的一團(tuán)火苗,重新給予行業(yè)一些溫暖和信心。5月10日,國家發(fā)展改革委印發(fā)《“十四五”生物經(jīng)濟(jì)發(fā)展規(guī)劃》(以下簡稱《規(guī)劃》),這是我國首部生物經(jīng)濟(jì)五年規(guī)劃,明確提出了生物經(jīng)濟(jì)發(fā)展的階段性目標(biāo)和重點(diǎn)發(fā)展領(lǐng)域!兑(guī)劃》指出要 “強(qiáng)化企業(yè)創(chuàng)新主體地位,發(fā)展壯大新型創(chuàng)新力量,要通過“助力疾病早期預(yù)防,提升疾病診斷能力,提高臨床醫(yī)療水平”來“推動(dòng)醫(yī)療健康產(chǎn)業(yè)發(fā)展”!凹涌彀l(fā)展高通量基因測序技術(shù),以高通量基因測序技術(shù)為主,重點(diǎn)開展腫瘤早期篩查”被首次提高到了“十四五”規(guī)劃的高度。配合3月23日癌癥篩查和早診早治被列入《健康中國行動(dòng)2022年工作要點(diǎn)》,腫瘤早篩似乎成為了烏云籠罩下的一道金邊,蘊(yùn)含了生物科技行業(yè)的光熱與希望。5月16日,南京世和基因生物技術(shù)股份有限公司科創(chuàng)板IPO獲受理。世和基因選擇在此時(shí)沖刺IPO,并將腫瘤早篩早診作為上市募集資金重點(diǎn)項(xiàng)目,希望鼓舞行業(yè)重拾信心,與大家攜手共進(jìn)。
背景
據(jù)Globocan 2020年的最新數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì),中國每年新發(fā)癌癥病例457萬例,死亡病例300萬例,均居全球首位。由于人口結(jié)構(gòu)老齡化等原因,近10年來,我國惡性腫瘤發(fā)病率每年保持約3.9%的增幅,死亡率以2.5%遞增,防控形勢嚴(yán)峻。值得注意的是,不同分期的癌癥患者治療和預(yù)后都存在顯著差異:早期腫瘤主要以手術(shù)等根治性治療為主,治愈率可達(dá)90%左右;晚期腫瘤的治療,雖然近年來在靶向藥物和免疫藥物方面取得了一系列突破,但5年生存率仍不足10%,晚期腫瘤藥物的高昂費(fèi)用也遠(yuǎn)超早期根治性治療的費(fèi)用。在我國,80%的癌癥患者發(fā)現(xiàn)時(shí)已經(jīng)是中晚期,導(dǎo)致我國腫癌癥患者總體五年生存率不足30%,遠(yuǎn)低于發(fā)達(dá)國家70%以上的五年生存率。大量的研究和實(shí)踐已經(jīng)表明,腫瘤篩查和早診早治可以有效延長腫瘤患者的總體生存期,減少疾病的經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。
臨床上傳統(tǒng)的腫瘤早期篩查手段,包括影像學(xué)篩查、內(nèi)鏡篩查及腫瘤標(biāo)志物篩查等,普遍存在侵入性強(qiáng)、篩查過程存在較大不適感、準(zhǔn)確性低(假陰性、假陽性)、依從性差等缺陷。目前,只有5種癌癥的篩查方式獲得了USPSTF(美國疾病預(yù)防工作組)的推薦(見表1),但即使是在這些已有SOC(Standard of Care, 標(biāo)準(zhǔn)診療方式)的癌種中,這些篩查方式的PPV(Positive Predict Value, 陽性預(yù)測值)也非常有限。臨床上,還有大量癌種目前并沒有標(biāo)準(zhǔn)腫瘤早篩手段。
表1. USPSTF推薦的癌癥篩查方式和PPV
由于傳統(tǒng)腫瘤篩查手段中存在的多種局限性,臨床迫切需要一些敏感性/特異性更高且更便于操作的早篩技術(shù)。液體活檢技術(shù)作為一種非侵入性的新型檢測技術(shù),在腫瘤早篩方面具有巨大的應(yīng)用潛力。液體活檢通過血液、唾液、尿液等體液樣本對(duì)腫瘤信號(hào)進(jìn)行檢測分析,與傳統(tǒng)組織活檢相比,具有無創(chuàng)、實(shí)時(shí)動(dòng)態(tài)監(jiān)測、克服腫瘤異質(zhì)性等優(yōu)勢,曾被MIT《科技評(píng)論》雜志評(píng)選為“2015年十大突破技術(shù)之一”,還被世界經(jīng)濟(jì)論壇與《科學(xué)美國人》雜志聯(lián)合評(píng)選為“2017年度全球十大創(chuàng)新技術(shù)之首”。 這種快速、簡便、無創(chuàng)的檢測技術(shù)在當(dāng)時(shí)被認(rèn)為是未來極具潛力的腫瘤早篩早診工具,F(xiàn)在,未來已至,隨著國內(nèi)外多家Biotech公司積極布局腫瘤早篩賽道,液體活檢在腫瘤早篩中的應(yīng)用研究正在如火如荼地開展當(dāng)中。
液體活檢
健康人正常生理活動(dòng)過程中的細(xì)胞凋亡或壞死會(huì)生成游離的DNA雙鏈小片段,并釋放至外周血,稱為循環(huán)游離DNA(circulating free DNA,cfDNA)。腫瘤的生長離不開血液,在腫瘤生長更新的過程中,也會(huì)不斷地向血液中釋放來自惡性腫瘤的循環(huán)游離DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)、循環(huán)腫瘤細(xì)胞(circulating tumor cell,CTC)和外泌體(Exosomes)等,這為液體活檢實(shí)現(xiàn)腫瘤早篩提供了理論基礎(chǔ),也成為液體活檢實(shí)現(xiàn)腫瘤早篩的重大挑戰(zhàn)之一:如何從茫茫非腫瘤來源的cfDNA中尋找到腫瘤來源的ctDNA?這是個(gè)大海撈針的過程,而國外的俗語中也有“find needle in a haystack”的說法。尤其是腫瘤早篩突出一個(gè)“早”字,應(yīng)用的對(duì)象為腫瘤早期甚至癌前病變的患者,這就進(jìn)一步加大了檢測的技術(shù)難度(圖1:不同分期ctDNA含量),如何捕捉到腫瘤來源的信號(hào)成為液體活檢早篩技術(shù)的關(guān)鍵。
圖1. 乳腺癌中不同分期下血液cfDNA中腫瘤來源ctDNA含量
腫瘤來源的特征
液體活檢的腫瘤標(biāo)志物主要包括基因組、表觀遺傳學(xué)、轉(zhuǎn)錄組、微生物組、蛋白組和代謝組等層面。腫瘤標(biāo)志物在ctDNA層面的特征主要包括點(diǎn)突變、片段化、拷貝數(shù)變異、甲基化等維度。
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突變特征
在探尋其他幾個(gè)特征的技術(shù)細(xì)節(jié)之前,先要談一談腫瘤早篩技術(shù)路線中提及相對(duì)較少,但卻是腫瘤基因檢測行業(yè)中應(yīng)用最成熟的特征:點(diǎn)突變。
點(diǎn)突變其實(shí)是基因檢測公司最得心應(yīng)手的檢測特征,畢竟大多數(shù)布局腫瘤早篩的Biotech公司都是做腫瘤晚期伴隨診斷相關(guān)檢測起家,之后逐漸將產(chǎn)品管線前移,最終覆蓋腫瘤全周期。但是之前提及癌癥早期血液中ctDNA含量很低,在腫瘤極早期10ng腫瘤患者的cfDNA換算成為150bp片段的數(shù)量大約在6x1010,其中腫瘤來源的ctDNA的片段數(shù)量大約在6x108,而腫瘤來源ctDNA中含有突變的片段只有6x105。與該結(jié)果相呼應(yīng)的Nature研究表明,攜帶 1cm3腫瘤的早期患者ctDNA突變豐度在0.008%左右(95% CI 0.002-0.03%),而基于NGS (Next Generation Sequencing,高通量測序)高深度測序的突變檢測一般能夠達(dá)到的檢測極限為0.1%,ddPCR(數(shù)字PCR)能達(dá)到的檢測極限為0.01%,均與早期患者的ctDNA突變豐度存在數(shù)量級(jí)上的差異。同時(shí),單純利用突變檢測進(jìn)行腫瘤早期篩查還需解決克隆性造血造成的干擾,以及由于突變通常缺乏腫瘤特異性、難以對(duì)腫瘤發(fā)生部位進(jìn)行溯源的痛點(diǎn)。因此,目前在研的早篩產(chǎn)品中只用單純突變作為特征的極少,多是聯(lián)合突變和其他特征開展多組學(xué)檢測。
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甲基化特征
DNA甲基化異常是驅(qū)動(dòng)癌癥發(fā)生發(fā)展的重要表觀遺傳修飾之一,它往往在癌癥病程的早期發(fā)生。腫瘤中普遍存在DNA甲基化狀態(tài)的改變,其特點(diǎn)是總體甲基化水平的降低與局部甲基化水平的升高。
全基因組DNA甲基化測序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是DNA甲基化研究的常用方法之一,通過亞硫酸鹽處理(Bisulfite Treatment)和全基因組DNA測序結(jié)合的方式,對(duì)整個(gè)基因組上的甲基化情況和突變情況進(jìn)行分析,具有單堿基分辨率,可精確評(píng)估單個(gè)C堿基的甲基化水平,從而構(gòu)建全基因組精細(xì)甲基化圖譜。
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片段組學(xué)特征
片段組學(xué)依托于NGS技術(shù),其特征主要包括拷貝數(shù)變異(CNV)、核小體印記(Nucleosome Footprint)、片段大。‵ragment length)以及片段末端序列特征(Motif)等。
拷貝數(shù)變異一般指長度為1kb以上的基因組大片段的拷貝數(shù)增加或減少,包括拷貝數(shù)變化(染色體臂的增加和丟失)以及由易位、擴(kuò)增或缺失引起的重排;蚪M拷貝數(shù)的異常通常會(huì)導(dǎo)致基因表達(dá)的改變,影響基因的正常功能,如拷貝數(shù)增加會(huì)引起ERBB2、MET等原癌基因的過表達(dá),拷貝數(shù)缺失會(huì)導(dǎo)致TP53、RB1、BRCA1等抑癌基因的失活,進(jìn)而導(dǎo)致細(xì)胞癌變。近年來,人們發(fā)現(xiàn)血漿DNA斷裂并不是一個(gè)隨機(jī)的過程。血漿cfDNA通常有一個(gè)顯著的167bp的峰值分布,這主要與cfDNA形成機(jī)制有關(guān):基因組DNA大約每147bp盤繞一個(gè)核小體,另外20bpDNA作為2個(gè)核小體之間的連接,在細(xì)胞凋亡的時(shí)候,DNA以每167bp進(jìn)行剪切并被釋放到血液中。有研究發(fā)現(xiàn),癌癥患者的血漿中cfDNA峰值分布更短,且與患者分期有一定聯(lián)系,尤其對(duì)于高ctDNA水平的癌種:包括乳腺癌、黑色素瘤、卵巢癌、肺癌等患者的cfDNA片段顯著更短。由于血液中cfDNA的主要形式是受單個(gè)核小體保護(hù)的DNA,所以與甲基化模式類似,核小體定位變化也伴隨著基因表達(dá)模式的轉(zhuǎn)變,其在轉(zhuǎn)錄調(diào)控、DNA復(fù)制和修復(fù)等多種細(xì)胞過程及腫瘤發(fā)生發(fā)展中起著重要作用。因此腫瘤具有特有的核小體印記評(píng)分。核小體定位因細(xì)胞類型而異,因此也包含著cfDNA組織起源信息。末端基序(Motif)被定義為血漿DNA末端的幾個(gè)核苷酸,癌與非癌具有不同偏好的末端切割模式。綜上所述,片段組學(xué)依托于WGS(Whole Genome Sequencing, 全基因組測序),靶點(diǎn)覆蓋于全基因組學(xué)層面。
腫瘤早篩技術(shù)路徑的探索
面對(duì)眾多腫瘤來源特征,迎難而上的腫瘤早篩公司們各顯神通,不同技術(shù)路線的探索呈現(xiàn)百花齊放的態(tài)勢,但最終都不約而同的落地在“甲基化”、“多組學(xué)”和“片段組學(xué)”這幾個(gè)關(guān)鍵詞上。從技術(shù)發(fā)展成熟度來看,NGS技術(shù)的出現(xiàn)使得ctDNA檢測技術(shù)更加成熟,是目前液體活檢早篩的主流技術(shù)平臺(tái)。表2為國內(nèi)外各公司早篩技術(shù)路徑的總結(jié)。
表2. 國內(nèi)外各公司早篩技術(shù)路徑
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甲基化路徑
DNA甲基化是腫瘤早篩中運(yùn)用最成熟的特征之一,多家公司都采用了甲基化的技術(shù)路線,包括國內(nèi)的燃石醫(yī)學(xué)、泛生子、鹍遠(yuǎn)生物、基準(zhǔn)醫(yī)療等公司,也包括泛癌種早篩技術(shù)的龍頭老大:美國癌癥早篩公司Grail。
在這里要先提一句泛癌種早篩與單癌種早篩的區(qū)別。單癌種早篩是指針對(duì)特定癌種的檢測,這就意味著某種癌癥早篩的結(jié)果不能向患者或醫(yī)生提供身體其他部位或其他類型癌癥的信息,導(dǎo)致出現(xiàn)“diagnostic odyssey”的情況。泛癌種早篩可以通過一次檢測對(duì)多種癌癥進(jìn)行篩查,同時(shí)進(jìn)行組織溯源,即預(yù)測癌癥發(fā)生部位,降低因?yàn)槎啻螜z測帶來的假陽性率累積風(fēng)險(xiǎn),減少對(duì)患者不必要的驚嚇和過度診療。同時(shí)泛癌種早篩使得大多數(shù)缺乏SOC早篩手段的癌種早篩成為可能。但是,泛癌種早篩需要攻克的技術(shù)難點(diǎn)也更多,除了需要解決早期檢測靈敏性的問題,由于同時(shí)檢測多種癌癥,假陽性率也是一個(gè)關(guān)鍵,因此提高檢測特異性也是一個(gè)繞不過去的門檻。既要保證靈敏性,又要保證特異性,同時(shí)還要提供組織溯源的信息,所以泛癌種早篩一直是早篩領(lǐng)域的“哥德巴赫猜想”。如Grail在泛癌種早篩研發(fā)中就已投入大量資源,因?yàn)榉喊┓N早篩面向的是無癥狀的高危人群和亞健康人群,是早篩領(lǐng)域中最有臨床需求與市場前景的方向。
Grail為了在自然人群中實(shí)現(xiàn)早篩,斥巨資啟動(dòng)了大型臨床試驗(yàn)“循環(huán)游離基因組圖譜研究”(Circulating Cell-free Genome Atlas,CCGA)。CCGA前瞻性多中心研究計(jì)劃納入超過15000例受試者(70%癌癥患者,30%非癌癥患者)并追蹤5年,分析受試者cfDNA中的突變、拷貝數(shù)變異(CNV)、甲基化等基因組特征。2020年3月,Grail公布的數(shù)據(jù)表明,cfDNA靶向甲基化液體活檢分析方法可區(qū)分多階段的50多種癌癥,包括缺乏篩查指南的高死亡率癌癥和早期癌癥,特異性>99%,單一假陽性率<1%。該檢測對(duì)I–III期癌癥的敏感性為43.9%,I–IV期敏感性為54.9%。在檢測到癌癥信號(hào)時(shí),該檢測還能以93%的準(zhǔn)確度定位癌癥的組織起源。CCGA-3最新數(shù)據(jù)顯示,在總體人群中,基于靶向甲基化技術(shù)的腫瘤早篩模型檢測特異性高達(dá)99.5%,靈敏度為51.5%,腫瘤信號(hào)定位準(zhǔn)確率為88.7%。對(duì)于51.5%的靈敏度,一個(gè)問題是:在確保特異性的同時(shí),如何進(jìn)一步提升早期癌癥的靈敏度?
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多組學(xué)路徑
“多組學(xué)”是腫瘤早篩,甚至腫瘤檢測行業(yè)最熱門的技術(shù)詞匯之一。惡性腫瘤的發(fā)生涉及基因、表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄組、微生物、蛋白和代謝等多個(gè)不同層次和不同維度的病理過程。如果只對(duì)單一組學(xué)的特征進(jìn)行分析,會(huì)給靶點(diǎn)的篩選帶來較大的局限性。而多組學(xué)特征整合分析一方面能夠相互印證,增強(qiáng)檢測結(jié)果的說服力;另一方面也能夠多維度、全方位地捕捉癌癥早期信號(hào),提高靈敏度。
多組學(xué)技術(shù)分為低通量多組學(xué)與高通量多組學(xué)兩種。目前在FDA或NMPA獲批的兩款腸癌早篩試劑盒均采用的是“低通量多組學(xué)”的技術(shù)路線。2014 年,美國 FDA批準(zhǔn)了全球第一個(gè)通過糞便隱血和基因多靶點(diǎn)聯(lián)合檢測(FIT-DNA)用于結(jié)直腸癌篩查的產(chǎn)品Cologuard。該產(chǎn)品已被美國疾病預(yù)防工作組等多個(gè)權(quán)威組織推薦將其應(yīng)用于適齡的無癥狀人群結(jié)直腸腫瘤早期篩查。作為Exact Science的核心產(chǎn)品,Cologuard利用了三種類型的生物標(biāo)志物:NDRG4和BMP3基因的甲基化,KRAS基因的點(diǎn)突變和大便隱血中的血紅蛋白。最終產(chǎn)品性能上,Cologuard表現(xiàn)出對(duì)結(jié)直腸癌92.3%的靈敏度,對(duì)進(jìn)展期腺瘤42.4%的靈敏度,特異性為87%。2020年11月,諾輝健康用于腸癌無創(chuàng)早篩的產(chǎn)品“常衛(wèi)清”獲得國家藥品監(jiān)督管理局批準(zhǔn)上市,用于體外定性檢測糞便樣本中的KRAS基因突變、BMP3 和NDRG4基因甲基化及血紅蛋白,適用于年齡 40-74歲的結(jié)直腸癌高風(fēng)險(xiǎn)人群的篩查,技術(shù)路線與Cologuard類似。該產(chǎn)品的靈敏度及特異性分別達(dá)到91.9%和 87.1%,對(duì)于進(jìn)展期腺瘤的靈敏度也達(dá)到了63.5%。
和瑞基因采取了“高通量多組學(xué)”的技術(shù)路線,基于高通量測序技術(shù)(NGS),其HIFI技術(shù)包括了一種表觀遺傳學(xué)特(5-羥甲基胞嘧啶)和三種片段組學(xué)特征(末端序列、片段分布和核小體印記),對(duì)肝細(xì)胞癌與肝硬化人群分類的靈敏度與特異性為95.4%與97.8%,對(duì)肝細(xì)胞癌與非肝細(xì)胞癌人群分類的靈敏度與特異性為95.4%與97.9%。值得注意的是,Exact Science升級(jí)的Cologuard2.0產(chǎn)品只保留了甲基化特征,在保持了95%的檢測靈敏度的同時(shí),將特異性提高到92%。
在多組學(xué)泛癌種方面,2018年Thrive Earlier Detection公司在Science上發(fā)表了CancerSEEK的研究結(jié)果。研究人員利用血漿ctDNA中的18個(gè)基因進(jìn)行檢測,同時(shí)通過質(zhì)譜分析8種血漿蛋白markers,建立cfDNA+蛋白的雙重預(yù)測模型。該預(yù)測模型入組了812例健康人,1005例癌癥患者,覆蓋8個(gè)癌種(肺癌、肝癌、胃癌、結(jié)直腸癌、胰腺癌、食管癌、乳腺癌、卵巢癌)。其靈敏度可達(dá)70%,其中I期、II期、III期的靈敏度分別為43%、73%和78%。腫瘤患者器官溯源預(yù)測的平均準(zhǔn)確性為83%。CancerSEEK研究與CCGA系列研究面臨同樣的問題:較低的I期腫瘤檢測靈敏度應(yīng)該如何解決?Thrive Earlier Detection于2020年被Exact Science收購,自此Exact Science也開始進(jìn)軍泛癌種早篩這個(gè)“明珠”領(lǐng)域。
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NGS片段組學(xué)路徑
提高腫瘤早篩靈敏度的方向之一,即可以加入多種其他組學(xué)維度的信息,也可以利用全基因組學(xué)測序(WGS),在基因組層面本身尋找更多的信號(hào)。DNA片段組學(xué)技術(shù)異軍突起,在多項(xiàng)研究數(shù)據(jù)中均表現(xiàn)出優(yōu)異的預(yù)測效能,為多癌種的早篩提供了新的研究方向。
DELFI在2019年Nature首次報(bào)道了cfDNA片段化特征在癌癥和健康人之間的區(qū)別,通過1-2×全基因組測序(WGS),評(píng)估cfDNA片段化特征(包括整個(gè)基因組的片段大小和覆蓋率、染色體臂拷貝數(shù)或線粒體拷貝數(shù))并構(gòu)建DELFI早篩模型。DELFI模型在 7 種癌癥類型中的檢測靈敏度為57%至99% 以上,特異性為98%。值得注意的是,DELFI模型在I-II期癌癥也表現(xiàn)出較高靈敏度;I-II期癌癥敏感性分別為73%和78%[16]。DELFI在2021年公布了其肺癌早篩研究的結(jié)果,在特異性為80%的情況下,靈敏性為90%,其中I期肺癌的AUC為0.76。
在國內(nèi),除和瑞基因的多組學(xué)路線中納入了片段特征外,世和基因自主研發(fā)的MERCURY技術(shù),也主要采用cfDNA片段特征,通過機(jī)器學(xué)習(xí)將多種全基因組層面特征聯(lián)合建模,用于區(qū)分腫瘤患者和非腫瘤患者,并在腫瘤患者中進(jìn)行組織溯源。基于MERCURY技術(shù),世和基因開展的DECIPHER系列大型早篩研究,也取得了不錯(cuò)的性能。其腸癌早篩模型在94.8%的特異性下,對(duì)進(jìn)展期腸腺瘤和早期腸癌(0/I期)敏感性分別為95.7%和98%。肝癌早篩模型對(duì)肝癌與非肝癌人群分類的靈敏度與特異性為95.8%與98.8%,對(duì)肝癌與肝疾病人群分類的靈敏度與特異性為96.8%與96.1%。
如果采用已知突變作為區(qū)分肺癌的特征,特征數(shù)量大約在102左右,測序深度需要達(dá)到30,000x;如果采用已知的甲基化作為區(qū)分特征,特征數(shù)量大約在103左右,測序深度需要達(dá)到130-1000x[8],這些已知固定化的特征Panel都只能代表腫瘤特征的拼圖一角,無法闡明早期腫瘤的特征全貌。如果只聚焦基因組層面的某個(gè)特定區(qū)域或特征,對(duì)測序深度、樣本量、樣本多樣性要求可能較高;谌蚪M測序的片段組學(xué)能夠充分利用106數(shù)量級(jí)的腫瘤特征,信號(hào)更為豐富。值得注意的是,一向采取甲基化技術(shù)路線的鹍遠(yuǎn)生物,在今年AACR poster的結(jié)果中展示了采用片段模式與突變檢測聯(lián)合的方式預(yù)測肺癌,其模型的AUC為0.87。
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技術(shù)路徑的選擇
技術(shù)上的不斷突破是產(chǎn)業(yè)生態(tài)蓬勃發(fā)展的標(biāo)志。對(duì)于場內(nèi)玩家來說,“不管黑貓白貓,抓到老鼠的就是好貓”。但是在市場驅(qū)動(dòng)下的技術(shù)研發(fā),早篩產(chǎn)品最終能否被市場長期接受,不僅在于檢測性能,更與成本控制和技術(shù)能否自我迭代息息相關(guān)。
隨著高通量測序技術(shù)進(jìn)入各項(xiàng)臨床共識(shí),臨床專家對(duì)NGS檢測的了解度和認(rèn)可度大大提高。隨著NGS成本的不斷降低,NGS檢測技術(shù)在產(chǎn)品價(jià)格、通量、效率和可拓展性方面的優(yōu)勢也在不斷凸顯。此外,一項(xiàng)新技術(shù)能否可持續(xù)發(fā)展還在于其是否有自我迭代功能,能否通過應(yīng)用過程中產(chǎn)生的數(shù)據(jù)再次進(jìn)入產(chǎn)品更新的循環(huán)中去使其具備長期領(lǐng)先的優(yōu)勢。在這個(gè)更新迭代的過程中,會(huì)產(chǎn)生新的研發(fā)成本。NGS技術(shù)在生成了全基因組層面的數(shù)據(jù)后,只需要通過優(yōu)化模型算法對(duì)不同的特征進(jìn)行排列組合,即可完成換代升級(jí)。所以,新產(chǎn)品研發(fā)過程中,技術(shù)模塊和平臺(tái)能否反復(fù)使用、持續(xù)升級(jí)是降低研發(fā)成本的關(guān)鍵:選擇什么樣的技術(shù)路線作為起點(diǎn),對(duì)后續(xù)是否有持續(xù)研發(fā)的能力至關(guān)重要。
從技術(shù)研發(fā)到公司投入巨大資源開展前瞻性臨床研究,還有一個(gè)成果轉(zhuǎn)化的過程。大型研究能夠更全面地反映真實(shí)世界的總體情況,避免單一研究機(jī)構(gòu)可能存在的局限性,提高樣本的多樣性與豐富度,有利于進(jìn)一步提高早篩模型的穩(wěn)定性和普適性,為其在臨床中的廣泛應(yīng)用做好技術(shù)鋪墊。對(duì)于泛癌種研究來說,不同癌種的腫瘤釋放的ctDNA含量不同(圖2:不同癌種血液中ctDNA的檢出率),因此如何保障泛癌種早篩模型在多種癌種中的檢測性能尤為關(guān)鍵。是否具有階段性的學(xué)術(shù)研究成果是衡量一條技術(shù)路線是否成熟到能夠進(jìn)入前瞻性研究階段的重要指標(biāo)。表3總結(jié)了國內(nèi)外大型研究主要發(fā)表情況。
圖2.不同癌種血液中ctDNA的檢出率
表3. 國內(nèi)外大型研究主要發(fā)表情況
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前瞻性研究
“實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)”,對(duì)于早篩技術(shù)來說,已有腫瘤早篩的相關(guān)研究顯示,早篩技術(shù)的成熟落地均需經(jīng)過真實(shí)世界的數(shù)據(jù)驗(yàn)證,需要大規(guī)模的前瞻性隊(duì)列研究來驗(yàn)證該技術(shù)在預(yù)期篩查人群中的真實(shí)性、準(zhǔn)確性和可靠性。因此大規(guī)模前瞻性隊(duì)列研究是早篩技術(shù)進(jìn)入廣泛市場推廣的前置條件,這對(duì)企業(yè)的資金儲(chǔ)備水平、資源調(diào)配、臨床管理能力都是不小的挑戰(zhàn)。
在前瞻性研究上,Grail一直敢為人先,先后大手筆的投入了PATHFINDER,STRIVE,SUMMIT和NHS-Galleri等多項(xiàng)前瞻性臨床研究。其中PATHFINDER在2021年ASCO上公布的中期研究結(jié)果顯示其腫瘤檢測總PPV為44.6%, top2溯源的總準(zhǔn)確性為96.3%。Grail在2021年啟動(dòng)了與英國NHS合作的研究NHS-Galleri,計(jì)劃入組14萬50-74歲3年內(nèi)無腫瘤史的人群,對(duì)每名入組者采血3次(入組、1年后、兩年后),并隨訪多年。
Thrive的DETECT-A研究是全球首項(xiàng)前瞻干預(yù)性臨床研究,招募10,006名年齡在65-75歲之間的健康女性,受試者進(jìn)行了兩次血液檢查,分析內(nèi)容包含16個(gè)常見突變基因及9個(gè)血清腫瘤標(biāo)志物,結(jié)果顯示其特異性達(dá)98.9%,結(jié)合PET-CT等影像學(xué)檢查,特異性可達(dá)99.6%。國外Exact Sciences、Guardant Health、DELFI和Freenome在這兩年紛紛啟動(dòng)前瞻性研究,國內(nèi)公司也于近兩年相繼公布了其前瞻性隊(duì)列研究計(jì)劃,包括:燃石醫(yī)學(xué)、鹍遠(yuǎn)生物、世和基因、和瑞基因、諾輝健康、泛生子和基準(zhǔn)醫(yī)療。(見表4)
表4. 國內(nèi)外公司早篩前瞻性研究
評(píng)價(jià)一項(xiàng)早篩技術(shù)的性能指標(biāo)在大多回顧性研究中會(huì)采用靈敏性、特異性,在前瞻性研究中會(huì)更強(qiáng)調(diào)其PPV和NPV(Negative Predict Value, 陰性預(yù)測值),雖然作為蹺蹺板兩端的NPV和PPV,誰在臨床實(shí)踐中更重要,誰在監(jiān)管方評(píng)審中更傾向,國內(nèi)外均有爭議。但是腫瘤早篩真正的primary endpoint是其能否改變臨床結(jié)局:短期來說早篩能否帶來分期的前移,晚期腫瘤發(fā)病率的下降,長期來說早篩能否帶來腫瘤死亡率的下降,發(fā)病率的下降,五年生存率的提高,這些才是腫瘤早篩的終極目標(biāo),也是只有通過前瞻干預(yù)性臨床研究和真實(shí)世界數(shù)據(jù)才能夠評(píng)估出的結(jié)果。
總結(jié)
為提高中國居民癌癥生存率,實(shí)現(xiàn)腫瘤早篩的技術(shù)突破和腫瘤早篩的民眾普及一直是政策鼓勵(lì)的對(duì)象。根據(jù)國家《健康中國行動(dòng)2022工作要點(diǎn)》,腫瘤早篩符合要點(diǎn)中要求推進(jìn)的“癌癥篩查和早診早治”的需要。根據(jù)“腫瘤診療質(zhì)量提升行動(dòng)計(jì)劃”,腫瘤早篩也實(shí)施符合計(jì)劃中所明確的“安全、有效、經(jīng)濟(jì)的篩查方法”,符合計(jì)劃中“提高腫瘤早期識(shí)別能力和機(jī)會(huì)性篩查水平,促進(jìn)早診早治”的需要。在政策紅利加持,技術(shù)創(chuàng)新進(jìn)步,臨床認(rèn)可,國民健康管理意識(shí)提高和臨床急需的多重驅(qū)動(dòng)下,早篩賽道熙熙攘攘,各家公司各顯神通,努力推動(dòng)腫瘤早篩產(chǎn)品的研發(fā)和落地,攜手為“早發(fā)現(xiàn)、早診斷、早治療,實(shí)現(xiàn)全面健康”這個(gè)14億人的“健康中國夢”貢獻(xiàn)屬于中國的創(chuàng)新力量。早篩技術(shù)最終群雄誰能涿鹿,讓我們拭目以待。
原文標(biāo)題 : ?腫瘤早篩的前瞻性研究

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