一次看全10+醫(yī)療AI賦能方案,英偉達(dá)GTC中國2020全解讀
數(shù)據(jù)、算法和算力是目前人工智能(下文簡稱AI)公認(rèn)的三大要素,缺一不可。這其中,一提到算力,恐怕沒有人能夠忽視英偉達(dá)(NVIDIA)這個半導(dǎo)體巨頭的存在。在多年前通過CUDA架構(gòu)釋放出GPU的巨大算力潛力后,英偉達(dá)很快就發(fā)現(xiàn)了AI的廣闊天空,并義無反顧地扎根其中。
英偉達(dá)在一代又一代產(chǎn)品上將半導(dǎo)體的暴力美學(xué)發(fā)揮得淋漓盡致,算力不斷迭代突破。人工智能的研究人員因此獲得了夢寐以求的低成本高性能算力方案。這使得AI應(yīng)用在最近幾年實現(xiàn)了長足發(fā)展。毫不夸張地說,英偉達(dá)的方案已經(jīng)成為了人工智能行業(yè)最為重要的“基礎(chǔ)設(shè)施”之一。
受此影響,創(chuàng)立于2009年的GTC(GPU Technology Conference)的主要議題在近年來發(fā)生了轉(zhuǎn)變,逐漸變成了一年一度的AI趨勢及應(yīng)用的分享盛會。2020年,受到新冠疫情的影響,GTC中國站以線上直播的方式舉行。根據(jù)統(tǒng)計,今年的GTC有大約50000人注冊。
由于新冠疫情在全球的肆虐,今年的GTC對AI在醫(yī)療健康領(lǐng)域的應(yīng)用尤為關(guān)注。10多場演講在本次GTC上面向全球分享?偟膩碚f,動脈網(wǎng)(微信號:Vcbeat)將這些方案分為四大類:AI對抗擊新冠疫情的賦能、AI對醫(yī)學(xué)影像的賦能、AI對基因組學(xué)的賦能,以及如何利用AI打造智慧醫(yī)院。
火速上線,AI全方位助力抗疫
迄今為止,新冠疫情在全球大部分地區(qū)依然并未得到有效的控制,甚至在部分地區(qū)有愈演愈烈之勢。英偉達(dá)醫(yī)療業(yè)務(wù)全球副總裁Kimberly Powell在GTC China 圓桌會議上也表示,“新冠疫情是過去一個世紀(jì)對全球醫(yī)療衛(wèi)生最大的威脅,這催促全世界利用一切可用的技術(shù)來對疫情進(jìn)行追蹤、檢測、疫苗及療法研發(fā)。
英偉達(dá)醫(yī)療業(yè)務(wù)全球副總裁Kimberly Powell
全世界的科學(xué)家從第一秒鐘開始便馬不停蹄地對新冠病毒展開了研究。這其中,發(fā)現(xiàn)并繪制出精確的病毒三維結(jié)構(gòu)是人類抗擊新冠病毒環(huán)節(jié)中非常重要的一環(huán)。AI則可以在強(qiáng)大算力的支撐下極大地縮短我們對病毒的研究時間。
在12月15日的主論壇上,英偉達(dá)首席科學(xué)家、研究院高級副總裁Bill Dally提到了GPU提供的強(qiáng)大算力如何幫助解決全世界的難題。Folding@Home和CyroSPARC這兩個例子很好地展示了基于GPU的AI對醫(yī)療健康領(lǐng)域的幫助。
英偉達(dá)首席科學(xué)家、研究院高級副總裁Bill Dally
Folding@Home這一全球知名的研究項目借助分布式計算將無數(shù)志愿者GPU的閑置時間利用起來,并為新冠病毒研究貢獻(xiàn)了1.5ExaFLOPS(1ExaFLOPS=1024PFLOPS=1024×1024TFLOPS)的算力,總共花費了總計1個多月的計算時間。這比其他傳統(tǒng)方式快30倍左右。
利用基于GPU加速計算,CyroSPARC則可對冷凍電鏡拍攝的病毒圖像進(jìn)行分析并生成三維結(jié)構(gòu),并將重構(gòu)新冠病毒刺突蛋白結(jié)構(gòu)所耗費的時間縮短到原來的1/12——從傳統(tǒng)的5個月大幅縮短至12天。
清華大學(xué)生命學(xué)院的李賽在GTC上展示了該團(tuán)隊如何利用冷凍電鏡斷層成像技術(shù)重構(gòu)精確新冠病毒三維結(jié)構(gòu)的過程。目前,在更為先進(jìn)的成像裝置的幫助下,一天所采集的數(shù)據(jù)相當(dāng)于5年前同樣時間采集數(shù)據(jù)量的數(shù)倍之多。整個過程所需計算量從幾十TB到數(shù)百TB不等,對算力提出了極高的要求——在幾年前GPU計算尚未實現(xiàn)之際,基于CPU的傳統(tǒng)服務(wù)器僅能實現(xiàn)數(shù)TB的計算量上限;同時,圖像分辨率也遠(yuǎn)不如現(xiàn)在。
基于清華大學(xué)生命學(xué)院李賽團(tuán)隊成果設(shè)計的新冠病毒科普模型(圖片來自視頻截圖)
除此以外,AI在醫(yī)療影像和基因測序上也在幫助人類對抗新冠病毒。英偉達(dá)醫(yī)療業(yè)務(wù)全球副總裁Kimberly Powell在圓桌會議中表示我國在基因行業(yè)上相對領(lǐng)先。這其中的一部分功勞要歸功于由GPU加速的基因比對服務(wù)。在新冠疫情中,基因比對發(fā)揮了應(yīng)有的作用,幫助科學(xué)家們能夠更好地理解病毒的傳播和進(jìn)化。
此外,NVIDIA AI計算平臺也在助力平安、聯(lián)影、推想及數(shù)坤等AI+醫(yī)療影像企業(yè)在第一時間將新冠肺炎輔助診斷系統(tǒng)快速部署到數(shù)以千計的醫(yī)院,從而使已經(jīng)不堪重負(fù)的一線醫(yī)生獲得了技術(shù)的幫助,極大地支撐了抗疫。
此外,Bill Dally 在主題演講中還介紹了英偉達(dá)新推出的 NVIDIA Clara Discovery先進(jìn)工具套件。該套件匯集了醫(yī)療影像、放射學(xué)和基因組學(xué)功能,為醫(yī)療健康領(lǐng)域最大的計算任務(wù)開發(fā)AI應(yīng)用程序。該套件帶有預(yù)訓(xùn)練的AI模型和應(yīng)用特定框架,能夠幫助研究人員定義從尋找目標(biāo)、化合物構(gòu)建到開發(fā)相應(yīng)的新一代新藥研發(fā)流程。通過自然語言處理領(lǐng)域的最新突破,研究人員可以使用生物醫(yī)學(xué)特定語言模型來組織、理解和激活大型數(shù)據(jù)集、研究文獻(xiàn)、并整理現(xiàn)有治療和其他重要現(xiàn)實數(shù)據(jù)的論文或?qū)@?/p>
火爆異常,AI賦能醫(yī)療影像井噴在即
影像識別是目前AI應(yīng)用最為廣泛的領(lǐng)域,尤其在醫(yī)療領(lǐng)域。截至2020年12月5日,國內(nèi)已有五家企業(yè)的AI影像輔助檢測系統(tǒng)通過創(chuàng)新醫(yī)療器械審批綠色通道拿到了NMPA醫(yī)療器械三類證。這標(biāo)志著AI應(yīng)用在醫(yī)療圖像領(lǐng)域的落地進(jìn)入了新的階段。
在本次GTC China上,眾多企業(yè)展示了AI+醫(yī)療影像應(yīng)用。這些方案均采用了英偉達(dá)的產(chǎn)品解決方案。英偉達(dá)也提供了Clara Imaging,可以加快醫(yī)學(xué)影像領(lǐng)域中人工智能的開發(fā)和部署。
這一方案專為數(shù)據(jù)科學(xué)家和研究人員打造,為其提供用于創(chuàng)建帶標(biāo)記的高質(zhì)量數(shù)據(jù)集的易于使用、針對領(lǐng)域優(yōu)化的工具,用于訓(xùn)練穩(wěn)健人工智能模型的協(xié)作技術(shù),以及用于可擴(kuò)展和模塊化人工智能部署的端到端軟件。
中國科學(xué)院計算技術(shù)研究所研究員、博士生導(dǎo)師周少華就AI+醫(yī)學(xué)影像的特點和趨勢進(jìn)行了展望。他認(rèn)為醫(yī)學(xué)影像AI目前呈現(xiàn)出影像多模高清化、數(shù)據(jù)非標(biāo)孤立化、疾病長尾突發(fā)化、標(biāo)注稀疏有噪化、樣本各異不均化及任務(wù)復(fù)雜多樣化的特點。開源的MONAI+平臺或許是新形勢下AI醫(yī)療影像開發(fā)的新選擇。
英偉達(dá)高級研究員李文琦進(jìn)一步介紹了MONAI+(Medical Open Network for AI)平臺。這是一個專為醫(yī)學(xué)圖像深度學(xué)習(xí)設(shè)計的開源軟件平臺,業(yè)界可以利用這個平臺來加速相關(guān)應(yīng)用程序的研發(fā)。英偉達(dá)作為MONAI+的重要推動者,旗下Clara Train將從下一版本開始全部基于MONAI+平臺。
上海聯(lián)影智能醫(yī)療科技有限公司AI副總裁沈宏分享了聯(lián)影前沿平臺是如何將聯(lián)影uII-AI模塊庫、3D Slicer和Clara平臺結(jié)合在一起,并讓醫(yī)生自行完成標(biāo)注并對AI進(jìn)行訓(xùn)練。相比之前使用的MIMICS訓(xùn)練平臺,聯(lián)影前沿平臺可將肺動靜脈和支氣管模型所需耗時分別從原來的140分鐘和60分鐘大幅縮減至95分鐘和15分鐘。
升級后的Clara Imaging平臺性能大幅提升(圖片來自視頻截圖)
英偉達(dá)研發(fā)團(tuán)隊經(jīng)理徐大光對Clara Imaging平臺全新技術(shù)特性進(jìn)行了講解。目前,升級后的Clara Train 2.0可以將人工智能模型訓(xùn)練所需時長顯著縮短。在單GPU、4個GPU和8個GPU三種情況下,Clara Train 2.0分別只需要42.5分鐘、20分鐘和8.1分鐘,相比原生TensorFlow的訓(xùn)練速度分別提升了20倍、28.5倍和55倍。
根據(jù)他的介紹,更快速的模型訓(xùn)練,加上聯(lián)邦學(xué)習(xí)提供的可保護(hù)隱私的多數(shù)據(jù)來源功能,Clara Imaging平臺在今年3、4月期間利用多國提供的數(shù)據(jù)快速完成了針對新冠肺炎CT圖像的模型訓(xùn)練,并在實際應(yīng)用中獲得了較高的準(zhǔn)確率——在3D分割模型上獲得了最高的準(zhǔn)確率,達(dá)到90.8%的準(zhǔn)確率。
來自上海聯(lián)影智能醫(yī)療科技有限公司的研發(fā)副總裁吳迪嘉進(jìn)一步對AI對醫(yī)學(xué)成像設(shè)備、臨床輔助診斷和醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)科研三方面的賦能進(jìn)行了深入探討。
醫(yī)學(xué)成像設(shè)備方面,聯(lián)影推出的ACS智能光梭成像是以深度學(xué)習(xí)為基礎(chǔ)的人工智能技術(shù),據(jù)稱是全球首款秒級MR加速技術(shù),將核磁共振全身全部位掃描帶入了百秒時代;谏疃葘W(xué)習(xí)的HYPER-DLR低劑量PET成像技術(shù)可以在快速成像的前提下提升42%的圖像質(zhì)量。DELTA低劑量CT成像技術(shù)則可以在減少80%的CT掃描輻射劑量的同時將對比度分辨率提升1.6倍。
在臨床輔助診斷上,AI可以將心臟電影圖像快速重建速度提升到原來的4倍,并幫助醫(yī)生將核磁圖像的閱片時間從20分鐘縮短到1分鐘左右。冠脈智能分析可將冠脈CT工作流效率提高70%~80%。MR腦結(jié)構(gòu)智能分析可以對大腦106個子結(jié)構(gòu)實現(xiàn)秒級自動分割并生成3D渲染圖像;同時,基于腦區(qū)和疾病進(jìn)行細(xì)化分析。一站式CT腦卒中智能分析系統(tǒng)是能夠幫助降低救治時間,并極大提升腦卒中患者的救治效率和成功率。
東軟醫(yī)療AI團(tuán)隊負(fù)責(zé)人、人工智能與臨床創(chuàng)新研究院首席工程師韓冬博士分享的主題是AI在智能化掃描工作流中的應(yīng)用。隨著GPU算力的加強(qiáng),目前醫(yī)學(xué)影像設(shè)備已可部署計算機(jī)視覺、圖像處理與分析和語音識別等人工智能。醫(yī)學(xué)影像設(shè)備可借此實現(xiàn)操作智能化,即從智能擺位、自動掃描區(qū)域識別、自動參數(shù)選擇優(yōu)化再到自動質(zhì)量控制,從而給用戶帶來智能手機(jī)般的用戶體驗。
微識醫(yī)療CEO劉敬家介紹了隨機(jī)對照試驗RCT驗證的消化內(nèi)鏡人工智能。他認(rèn)為醫(yī)生在進(jìn)行結(jié)腸鏡檢查時急需人工智能輔助,從而避免疲勞、注意力不集中或者經(jīng)驗不足導(dǎo)致的結(jié)直腸癌漏診。
根據(jù)劉敬家的介紹,四川省醫(yī)院和美國哈佛醫(yī)學(xué)院在2020年1月和6月分別完成的兩個隨機(jī)對照試驗證實了消化內(nèi)科人工智能的臨床效果,并證實醫(yī)生在有人工智能輔助的時候進(jìn)行結(jié)腸鏡的操作手法會更佳。相比靜態(tài)圖像識別,如消化內(nèi)鏡一般的實時視頻醫(yī)療AI需要關(guān)注識別延遲、推理延遲和呈現(xiàn)延遲三個維度上的延遲,隨著GPU性能的不斷提升,這些延遲也在不斷降低。
醫(yī)療AI的下一步?AI如何賦能基因組學(xué)及智慧醫(yī)院
人工智能除了在醫(yī)學(xué)影像中的應(yīng)用,在基因測序分析中也正在發(fā)揮越來越重要的作用。從DNA到RNA,英偉達(dá)Clara Parabricks能顯著加快基因組數(shù)據(jù)的二級和三級分析速度。
這一方案使用了專為位于本地或云中的高吞吐量實驗室設(shè)計的成套軟件,以及能讓開發(fā)者構(gòu)建強(qiáng)大基因組學(xué)計算工具的技術(shù)棧,從而可以加快基因組分析速度,為包括解決藥物發(fā)現(xiàn)等研究賦能。
星藥科技創(chuàng)始人兼CEO李成濤在分享中表示,傳統(tǒng)新藥研發(fā)目前面臨投入高(平均26億美元/新藥)、耗時長(9-15年)、風(fēng)險高(臨床階段成功率僅約10%左右)的痛點。2010年,全球新藥的平均投資回報率還可以達(dá)到10.1%,2019年平均投資回報率已經(jīng)降低到了1.8%。
他認(rèn)為AI可以從以下幾方面幫助藥物研發(fā)團(tuán)隊。AI可以通過穩(wěn)定泛化的模型在無人為干擾下生成獨立IP的藥物候選分子,即發(fā)現(xiàn)新穎結(jié)構(gòu)。由于算力的提升,AI可以幫助擴(kuò)大藥物分子空間,從靠人力在1010空間尋找擴(kuò)大到1060全化合物空間;并將原本需要4-7年的臨床前研發(fā)時間縮短至1-2年。最后,AI還可以幫助降低藥物研發(fā)的成本。
奇碳科技的謝丹和左遠(yuǎn)則介紹了AI是如何為長讀長基因測序賦能。這家致力于納米孔基因測序設(shè)備研發(fā)和生產(chǎn)的企業(yè)剛剛推出了第一款測序儀產(chǎn)品樣機(jī)。利用機(jī)器學(xué)習(xí)算法輔助基因序列翻譯,測序儀能夠在8小時內(nèi)穩(wěn)定產(chǎn)出500Mbp的基因測序數(shù)據(jù),平均讀長在10Kbp以上。在這個過程中,GPU的使用大幅提高了推理效率,從而實現(xiàn)實時的序列產(chǎn)出。
在智慧醫(yī)院方面,英偉達(dá)也已經(jīng)試圖用AI為其賦能。Clara Guardian是英偉達(dá)針對于智能醫(yī)院的邊緣人工智能,利用視頻分析、對話機(jī)器人、自動語音識別和自然語言處理技術(shù)為用戶提供幫助。
Clara Guardian在智慧醫(yī)院應(yīng)用中可以發(fā)揮作用(圖片來自視頻截圖)
英偉達(dá)數(shù)據(jù)科學(xué)家張萌在演講中對Clara Guardian進(jìn)行了深入探討。通過結(jié)合物聯(lián)網(wǎng)技術(shù),Clara Guardian可以在公共安全(體溫篩查、個人防護(hù)裝備檢測、保持社交距離)、患者護(hù)理(患者監(jiān)控、防止摔倒、患者參與)和運(yùn)營效率(手術(shù)室工作流程自動化、手術(shù)分析和無接觸控制)等方面發(fā)揮作用,以改善醫(yī)療健康機(jī)構(gòu)的運(yùn)營及管理。
寫在最后
毫無疑問,集天時、地利、人和于一身的英偉達(dá)在AI領(lǐng)域已經(jīng)牢牢占據(jù)了先機(jī)。利用強(qiáng)大的硬件算力,并配合專用算法,英偉達(dá)的綠色標(biāo)志在目前以圖像識別、語音識別和語義識別為代名詞的AI領(lǐng)域幾乎已經(jīng)無處不在。
AI的火熱僅僅只是個開始,未來將會更加火熱,更多的巨頭將會入場,利用AI為醫(yī)療健康賦能。好消息是,我們在GTC上已經(jīng)看到了越來越多的國內(nèi)企業(yè)登場亮相;蛟S,假以時日,他們中間也能有企業(yè)能夠成長起來,憑借硬實力“真正創(chuàng)新”,而非“中國特色創(chuàng)新”站在世界之巔。
祝大家好運(yùn)。
作者:陳鵬

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