單細胞多組學(xué)如何運用到臨床及藥物研發(fā)?
從2012年,北京尋因生物創(chuàng)始人李宗文博士就進入NGS檢測領(lǐng)域工作。從科研到臨床,李宗文博士見證了新技術(shù)的迭代!靶录夹g(shù)的開發(fā)應(yīng)用是一個令人興奮的過程”,單細胞測序的崛起吸引了李宗文博士的目光,2018年,他和自己曾經(jīng)的同事一起創(chuàng)立了尋因生物。
尋因生物是一家自主研發(fā)單細胞技術(shù)的精準(zhǔn)醫(yī)療生物醫(yī)藥企業(yè),擁有國內(nèi)獨家微孔芯片與油包水雙技術(shù)平臺,致力于通過國產(chǎn)高通量單細胞全鏈條產(chǎn)品及服務(wù),將單細胞技術(shù)普適化,應(yīng)用于臨床及藥物研發(fā),助力相關(guān)疾病研究。
目前尋因已與百余家科研院所、醫(yī)療機構(gòu)、制藥企業(yè)開展深度合作,實現(xiàn)了商業(yè)運營。
微孔芯片平臺的核心產(chǎn)品是SeekOne MM高通量單細胞轉(zhuǎn)錄組試劑盒,該試劑盒無需昂貴的硬件配套,操作較為簡單直觀。運用獨特的核酸標(biāo)記技術(shù)可以保證更少的平衡文庫依賴,且雙標(biāo)系統(tǒng)確保結(jié)果精確。實驗表明,其千級細胞的雙細胞率低至0.7%。
9月份即將推出的油包水檢測平臺的產(chǎn)品是SeekOne DD油包水儀器,通過該儀器的單細胞轉(zhuǎn)錄組檢測需經(jīng)過4個步驟:
1. 首先將單細胞懸液放入雙十字交叉型微芯片,形成包含細胞、Gel Beads以及試劑的微液滴。
2. 經(jīng)過幾分鐘后,微液滴內(nèi)細胞裂解,Barcode序列釋放,標(biāo)記細胞的不同組學(xué)信息,并逆轉(zhuǎn)錄包含Barcode和UMI片段在內(nèi)的cDNA。
3. 當(dāng)油滴破碎后,以cDNA為模板,進行PCR擴增、建庫,并進行二代測序(NGS)。
4. 最后,通過生物信息學(xué)的方法,并根據(jù)Barcode和UMI,從測序數(shù)據(jù)中拆分出完整的單細胞組學(xué)信息。
除產(chǎn)品外,尋因還可提供全國上門解離服務(wù)。經(jīng)驗豐富的解離團隊運用自主研發(fā)的樣本解離儀和解離液,為客戶提供高成功率的解離服務(wù)。目前,尋因生物可以完成100多種組織單細胞懸液制備,包含神經(jīng)系統(tǒng)、循環(huán)系統(tǒng)、運動系統(tǒng)、內(nèi)分泌系統(tǒng)、泌尿系統(tǒng)、呼吸系統(tǒng)、生殖系統(tǒng)、消化系統(tǒng)等。
根據(jù)自主研發(fā)的可視化云平臺與試劑盒、儀器配套化信息分析軟件,與專有數(shù)據(jù)庫、阿里云彈性計算結(jié)合,為客戶提供個性化分析方案,滿足自主操作應(yīng)用分析需求。
經(jīng)過分析評估,尋因質(zhì)控基本分析軟件與10xcellranger分析性能評估結(jié)果細胞一致率>99%,RNA expression相關(guān)性>0.99,細胞聚類tSNE結(jié)果高度一致,細胞聚類結(jié)果在相同cluster的一致率>99%。
尋因生物通過科研及臨床服務(wù)積累數(shù)據(jù)資源,并結(jié)合科研成果及公共數(shù)據(jù)庫提供深度解讀。目前已有300余項研究,細胞數(shù)據(jù)100多項,細胞標(biāo)記1萬余個。
此外,其可視化云計算平臺與單細胞數(shù)據(jù)庫、自動化注釋軟件的配合可以解決單細胞分析的瓶頸——細胞類型注釋。操作簡便,可實現(xiàn)拖拽式自定義分析流程與輸出可視化報告。
“在數(shù)據(jù)基礎(chǔ)解析過程中,耗時是比較長的,因此我們做了流程優(yōu)化和系統(tǒng)改造,從而將信息分析流程控制在8個小時內(nèi)。”李宗文博士表示。
經(jīng)透露,今年3月份尋因生物進入商業(yè)化階段,4個月的時間里,團隊從20人發(fā)展至130人規(guī)模,營收也超過了千萬元。為科研機構(gòu)提供解決方案是營收的主要來源,此外還與醫(yī)院醫(yī)生合作,推動臨床轉(zhuǎn)化。
當(dāng)前尋因生物的產(chǎn)品管線是圍繞單細胞SeekOne為基礎(chǔ),未來公司將推出新的檢測產(chǎn)品,并圍繞臨床業(yè)務(wù)進行技術(shù)開發(fā)!坝捎谀壳皢渭毎麥y序的單價較高,覆蓋群體并不廣泛,因此尋因生物還將圍繞一二線核心城市進行市場布局與拓展!崩钭谖牟┦客嘎丁
在融資方面,尋因生物已完成過億元A輪融資,由博遠資本領(lǐng)投,辰德資本跟投。據(jù)悉,尋因生物近期已啟動新一輪融資。
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