基因測序的多次技術變革
未來未至,但正在預演。
剛剛過去的10.1長假里:美國風電公司新紀元能源,市值一度超過埃克森美孚,成為美國最大的能源公司;福萊特玻璃與信義玻璃,兩家太陽能光伏玻璃公司,則在領漲港股;電動車主干道上,特斯拉與比亞迪股份,依然各自紅透半邊天。
比起新能源賽道的熙熙攘攘,另一個故事顯然還在醞釀。
同樣在10.1長假里,諾貝爾化學獎被頒給了法、美兩位致力于基因組編輯方法研究的女科學家——埃馬紐埃爾·沙爾龐捷與詹妮弗·杜德納。
而在更早一點,全球基因組學領域硬件技術龍頭公司Illumina,拋出了80億美元現(xiàn)金和股票,擬將一家基于基因測序技術的腫瘤早篩公司GRAIL重新并入懷中。
再早一點,則是Illumina針對其潛在競爭對手華大基因的全球性專利戰(zhàn)。
春江水暖鴨先知。在基因編輯/基因療法帷幕徐徐張開的2020年代,一個比肩新能源的新故事即將開講的此時,是時候需要對基因測序這個黃金賽道做一次粗礪梳理了。
01
技術演變史
“21世紀是基因的世紀”。自1977年誕生第一代測序技術以來,基因測序產業(yè)已進行多次技術變革。
分子診斷是體外診斷(IVD)中發(fā)展速度最快、技術最高的領域,主要技術包括PCR(聚合酶鏈式反應)、核酸原位雜交、基因測序和基因芯片等。其中,基因測序是分子診斷的主流技術方向。
從定義來看,基因測序是一種新型基因檢測技術,能夠從血液或唾液中分析測定基因全序列,預測罹患多種疾病的可能性,個體的行為特征及行為合理。例如,此次疫情大批量使用的新冠核酸檢測試劑盒,就是基于基因測序技術研發(fā)而來。
技術發(fā)展與進步是行業(yè)驅動的核心要素,也推動著基因測序從科研走向臨床;驕y序的演變史,就是一部“技術進化史”。
自1977年誕生第一代DNA測序技術以來,共進行過四次技術變革:
圖1:基因測序技術發(fā)展歷程 來源:前瞻產業(yè)研究院、國元證券研究中心
第一代DNA測序技術是基于Sanger雙脫氧終止法的測序原理,結合熒光標記和毛細管陣列電泳技術來實現(xiàn)測序的自動化,基本方法是鏈終止或降解法。
不過,雖然Sanger測序技術具有測序讀長長、準確率高的優(yōu)點,但由于通量低、成本高,沒有得到大規(guī)模應用。
第二代測序技術(高通量測序)的誕生,給行業(yè)帶來了顛覆性的變化。
高通量測序技術(NGS),是指通過模板DNA分子的化學修飾,將其錨定在納米孔或微載體芯片上,利用堿基互補配對原理,在DNA聚合酶鏈反應或DNA連接酶反應過程中,通過采集熒光標記信號或化學反應信號,實現(xiàn)堿基序列的解讀,一次性可完成幾十萬至上百萬條序列的測定。
簡而言之,NGS就是一種可以邊合成邊測序的高通量測序技術,能通過一個樣本獲取多種基因類型的信息,不僅效率高,而且一次性檢測大量基因的費用更低。
憑借高通量、低成本、測序時間端等優(yōu)勢,NGS技術在全球測序市場中占據主導地位,應用領域包括無創(chuàng)產前檢測(NIPT)、胚胎植入前遺傳學診斷/篩查(PGD/PGS)、遺傳病診斷、腫瘤診斷和個性化治療、致病基因檢測、病原微生物檢測等。
圖2:四代測序技術對比 來源:公開資料整理,國元證券研究中心
而第三代(單分子測序)和第四代(納米孔外切酶測序),雖然在ctDNA測序、單細胞測序等具有明顯優(yōu)勢,但由于錯誤率較高、分析軟件不夠豐富等原因,商用受到一定限制。
目前,基因測序已經能夠通過不同的檢測技術來滿足多元化的臨床需求,主要應用在腫瘤診斷、遺傳病檢測和產前診斷中;驒z測的結果主要用于臨床用藥參考與用藥指導。
例如,在腫瘤治療中,醫(yī)生可以借助基因測序技術來診斷腫瘤患者基因突變的種類與狀態(tài),從而選擇最適合的靶向藥物,并且制定個體化治療方案,達到精準治療的目的。
圖3:基因測序臨床應用 來源:科學網,中銀證券
根據測序中國統(tǒng)計,我國國產腫瘤分子診斷產品的技術應用趨勢與歐美市場基本一致,目前PCR技術仍是伴隨診斷的主流技術,主要應用在非小細胞肺癌、結直腸癌、乳腺癌、卵巢癌、黑色素瘤等方面。
不過,PCR技術的缺點就在于只能檢測已知突變,NGS技術卻可以一次性檢測出全部突變。未來,兩種檢測技術將形成“優(yōu)勢互補,長期共存”的格局,加速推動腫瘤伴隨診斷行業(yè)的發(fā)展。
以NGS測序技術為例。
艾德生物在2018年11月獲國家藥監(jiān)局批準的人類10基因突變聯(lián)合檢測試劑盒(商品名:維惠健),是我國首個跨癌種的NGS檢測產品,能用于定性檢測非小細胞肺癌(NSCLC)、結直腸癌(CRC)患者EGFR/ALK /ROS1/RET/KRAS/NRAS/PIK3CA/BRAF/HER2/MET基因變異。
圖4:艾德生物的NGS產品線 來源:公司財報
另外,基因測序巨頭Illumina和華大基因也分別基于自身的NGS平臺推出了癌癥panel檢測產品,前者可以檢測48個基因,后者的檢測基于NimbleGen探針雜交捕獲測序技術,包含1053個腫瘤相關基因。
02
外資占主導地位
基因測序的產業(yè)鏈分為上游(設備、耗材及試劑)、中游(測序服務)、下游(科研機構、醫(yī)院、藥企、個人)。
從上游的競爭格局來看,主要以Illumina、ThermoFisher(賽默飛)等外資和華大智造、博奧生物等國內設備廠商為主;國內的耗材及試劑生產商則以達安基因、艾德生物為主。中游測序服務方面,華大基因、貝瑞基因(SZ:000710)、泛生子、燃石醫(yī)學等占據大部分市場份額。
圖5:基因測序產業(yè)鏈 來源:公開資料整理,國元證券研究中心
雖然我國診斷試劑發(fā)展迅速,已基本實現(xiàn)國產化。但是,我國基因測序技術整體仍落后于發(fā)達國家。
在診斷儀器領域,我國儀器占比較小。尤其是技術壁壘極高的數(shù)字PCR儀和基因測序儀等高端儀器,仍被Illumina、LifeTech、Roche等外資品牌占主導。
目前,國內僅有華大基因等個別品牌擁有自主研發(fā)生產的基因測序儀,且代際落后;大部分企業(yè)仍是通過OEM(貼牌)和合作研發(fā)的模式來完善產業(yè)鏈布局。例如,達安基因(SZ:002030)的DA Proton、貝瑞基因的NextSeqCN500、安諾優(yōu)達的NextSeq550AR等。
根據數(shù)據顯示,Illumina和Thermo Fisher合計占據國內基因測序儀67%的市場份額,華大智造(華大基因兄弟公司)則占33%。
而且,在國內測序服務市場,不僅企業(yè)眾多競爭激烈,很多廠商還不具備自主研發(fā)基因測序儀和核心試劑的能力,導致議價能力弱。雖然目前由華大基因占據著主導地位,但是卻屢屢受Illumina巨頭“卡脖子”,成長之路頗為坎坷。
03
基因界的華為海思?
通信行業(yè)的核心在于芯片,基因行業(yè)的核心設備在于基因測序儀。如果說華大基因是“基因界的華為”,那么華大智造就是“基因界的華為海思”。
基因測序技術的不斷演變,是華大智造(華大基因)與Illumina抗衡的最有力武器。
2013年,Illumina曾兩度起訴美國測序儀廠商CG公司侵害其專利權,導致后者瀕臨破產,最終被華大基因以1.176億美元收購。
2014年7月,在CG公司技術基礎上研發(fā)的BGISEQ-100、BGISEQ-1000基因測序儀器及配套試劑獲批,是我國首個基因測序儀。
同年,Illumina推出的HiSeq X Ten基因測序儀,能使測序成本大幅下降至1000美元,由此奠定了其在全球基因檢測設備市場的龍頭地位。
2015年,華大基因相繼推出了自主研發(fā)的高通量測序系統(tǒng)“超級測序儀”Revolocity和桌面化測序系統(tǒng)BGISEQ-500,實現(xiàn)了基因測序全產業(yè)鏈布局。
2016年,華大智造成立,與華大基因同屬華大集團旗下。一家負責先進制造,一家負責先進服務,兩者形成“兄弟”關系。
2018年,華大智造發(fā)布了自主研發(fā)的超高通量基因測序儀MGISEQ-T7,單日數(shù)據產量可達6TB,是全球單日生產能力最強的基因測序儀。
目前,華大智造已發(fā)展成為國內唯一、全球第三家能自主研發(fā)并量產臨床高通量基因測序儀的企業(yè),全球服務超過600家客戶,遍布全球50個國家和地區(qū)。2019年,為華大基因貢獻了95%的測序儀。
根據官方數(shù)據顯示,截至今年5月,華大智造基因測序儀全球裝機量達到1700臺,超過Illumina(公開資料顯示1.1萬臺)的1/10,在國內的市場占有率超過1/3。
但是,由于核心元器件(測序儀與相關標準)仍被Illumina“卡脖子”,導致雙方爆發(fā)了聞名中外的專利之爭(詳見:《華大基因:決戰(zhàn)黎明破曉前》)。
原創(chuàng)性技術或顛覆性技術掌握在他人手里,是技術型企業(yè)的核心風險。有了CG公司的前車之鑒,華大基因往后不僅要在核心技術上尋求顛覆性突破,還要在專利戰(zhàn)上的法律策略以及經驗等方面強化自身——而這也將在很大程度上決定其投資價值的大小與市值的走勢。
略感慶幸的是,基于高通量測序儀等平臺,華大基因的產品覆蓋了生育健康、腫瘤防控、感染防控、多組學大數(shù)據與合成業(yè)務四大領域,全產業(yè)鏈優(yōu)勢較為明顯。
圖6:華大基因的產品矩陣 來源:公司財報
業(yè)績方面:生育健康是華大的核心業(yè)務,2019年實現(xiàn)收入11.76億元,營收占比為42.11%,毛利率達69.53%;精準醫(yī)學業(yè)務實現(xiàn)收入5.71億元,占比20.45%,毛利率為66%。今年上半年,受新冠肺炎疫情的影響,核酸檢測試劑盒銷售大增,使得精準醫(yī)學業(yè)務實現(xiàn)收入29.92億元,營收占比大幅提升至72.88%,毛利率也提高至70.52%。
也正是在全產業(yè)鏈、多元化的產品結構支撐下,華大基因的整體業(yè)績多年來一直保持著穩(wěn)健增長。
除了在基因測序儀領域,華大基因要與跨國巨頭競爭以外,在無創(chuàng)產前檢測(NIPT)領域,也同樣需要面臨諸多國內龍頭企業(yè)的競爭。
貝瑞基因憑借著先發(fā)優(yōu)勢、豐富的臨床數(shù)據積累以及自身技術和平臺優(yōu)勢,與華大基因占據著絕大部分市場份額,2018年市占率合計約為70%。
截至2019年,華大和貝瑞NIPT累計檢測樣本量分別達到600萬例和350+萬例,遙遙領先其他同行,形成雙寡頭格局。
貝瑞基因是國內最早布局NIPT領域的企業(yè)。早在2008年,公司創(chuàng)始人周代星博士便與“NIPT之父”盧煜明教授強強聯(lián)合,在《PNAS》上發(fā)表了NIPT實驗室的初步驗證結果,開啟了產前檢測的時代。
2011年9月,貝瑞自主研發(fā)的全球首個NIPT檢測產品“貝比安”獲批上市。
同時,華大基因也在2012年推出了“NIFTY”檢測產品。而且,2018年10月推出的升級版NIFTY?全因2.0產品,能檢測出更多染色體或基因遺傳疾病,彌補了國內NIPT在單基因疾病檢測應用領域的空白。
04
結語:須以芯片產業(yè)為鑒
總的來說,在技術快速更新迭代的變革下,中國基因測序產業(yè)近年來發(fā)展迅速,誕生了華大基因、貝瑞基因、艾德生物等本土龍頭企業(yè);市場空間也在不斷擴大——從早篩到診斷再到治療,成長性非常高,的確是名副其實的黃金賽道。
但由于核心技術仍掌握在外資巨頭手里,也使得華大基因與Illumina的專利戰(zhàn)在當下顯得極為突兀?梢灶A見,國內基因測序企業(yè)在走向全球化的進程中,勢必要面對一場又一場的“卡脖子”攻堅戰(zhàn)。
在國產化替代、精準醫(yī)學等趨勢下,國內基因測序企業(yè)要想順利地走向全球化、打好“卡脖子”攻堅戰(zhàn),關鍵就在于能否掌握核心技術。反之,就會像當前的芯片產業(yè)那般,處處受制于人。

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