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ChIP+SIM看減數(shù)分裂過(guò)程中的RPA、RAD51、DMC1

2020-09-15 14:12

之前我們整理分享過(guò)一系列關(guān)于減數(shù)分裂的文章，最近又上線(xiàn)一篇，將ChIP－seq、SIM超分辨兩大技術(shù)聯(lián)合使用，追蹤減數(shù)分裂中的關(guān)鍵事件DNA損傷修復(fù)，具體內(nèi)容如下：

先搭建模型：減數(shù)分裂過(guò)程中，組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶PRDM9修飾組蛋白，“標(biāo)記”損傷發(fā)生的位點(diǎn)，SPO11切割DNA，引發(fā)DNA雙鏈損傷（DSB）。DSB發(fā)生后RPA、DMC1、RAD51參與DSB修復(fù)，作者構(gòu)建了一種雜交小鼠，可識(shí)別區(qū)分出小鼠兩條同源染色體（便于追蹤同源介導(dǎo)修復(fù)過(guò)程中的損傷染色體、模板染色體），利用ChIP－seq技術(shù)追蹤DSB修復(fù)過(guò)程中RPA、DMC1、RAD51在DNA序列上的分布情況

寬泛的看一下DSB數(shù)（SPO11指示）、RPA、DMC1、RAD51之間的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)它們正相關(guān)

ChIP－seq數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)損傷位點(diǎn)（SPO11指示）附近RPA、DMC1、RAD51有獨(dú)特的分布方式：DMC1、RPA聚集到損傷處，在損傷處密度最高，而RAD51圍著損傷處呈雙峰分布

DSB后的修復(fù)依賴(lài)同源染色體作為模板，作者搭建的系統(tǒng)可區(qū)分兩條同源染色體，即除了能看損傷鏈上RPA、DMC1、RAD51的分布外，還能看同源的模板鏈上RPA、DMC1、RAD51的分布，發(fā)現(xiàn)模板鏈上沒(méi)用DMC1、RAD51分布，有RPA分布