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NEC發(fā)布基于AI的新型冠狀病毒疫苗設(shè)計基因分析結(jié)果

2020-04-29 15:13
來源: NEC

NEC日前發(fā)布了采用AI預(yù)測技術(shù)的基因分析結(jié)果,用于設(shè)計可促進全球多數(shù)人群T細胞反應(yīng)(注1)的SARS-CoV-2(新型冠狀病毒)疫苗。本成果旨在幫助防止新型冠狀病毒感染癥“COVID-19”感染擴大,并支援全球疫苗開發(fā),由NEC OncoImmunity AS(注2)與NEC歐洲研究所合作成立的研究團隊所取得。本研究應(yīng)用了NEC與NEC OncoImmunity在個體化癌癥疫苗開發(fā)中使用的AI預(yù)測技術(shù)。

論文網(wǎng)站“bioRxiv”上發(fā)表的研究結(jié)果顯示,分析數(shù)千種SARS-CoV-2的基因組序列,鎖定了全球人群中最經(jīng)常被找到的100個HLA等位基因(多種免疫型)的表位(可作為疫苗靶點)。

具體來說,不僅使用預(yù)測算法分析了作為冠狀病毒名稱起源的表面刺突蛋白,還分析了SARS-CoV-2的全部蛋白,根據(jù)所得數(shù)據(jù),對多個HLA等位基因型鎖定“熱點(Hot Spot)”,該“熱點”重復(fù)包含了SARS-CoV-2蛋白中的共通表位。另外,充分采用本算法,優(yōu)先選定了全球人群覆蓋最廣、且病毒蛋白中變異較少、今后也很難發(fā)生變異的保存區(qū)域中獲得的最佳熱點組。并且,為確保安全性,除去了病毒表位中與人類蛋白相似度高、特別是在重要臟器中發(fā)現(xiàn)的熱點。

本成果的分析結(jié)果展示了對世界多數(shù)人群安全有效、且亦能應(yīng)對現(xiàn)在和將來的病毒多樣性的疫苗設(shè)計,同時也體現(xiàn)了NEC集團AI預(yù)測技術(shù)的技術(shù)水平高度。

在公開本次研究成果、支援科學(xué)進步的同時,NEC將開啟以加快疫苗開發(fā)為目的的合作活動。

NEC常務(wù)執(zhí)行董事兼首席技術(shù)官西原基夫表示:“很高興NEC的AI技術(shù)能夠為當今世界面臨的嚴重問題做出貢獻。在世界各國都在為解決這一艱難課題而努力的情況下,NEC作為企業(yè)公民也有責(zé)任和義務(wù)參與到這一行動中。我們將以此次研究為開端,最大限度地活用AI技術(shù)這一NEC集團的優(yōu)勢,與各種各樣的企業(yè)和機構(gòu)合作,抑制新型冠狀病毒感染癥的擴大,為了讓全球的人們能夠盡早恢復(fù)日常生活而努力!

NEC OncoImmunity的首席科學(xué)家Trevor Clancy博士表示:“敝公司首席執(zhí)行官Richard Stratford博士和其團隊以及NEC集團,對于我們針對個體化癌癥免疫療法的機器學(xué)習(xí)軟件‘NEC Immune Profiler’從現(xiàn)在投入的癌癥領(lǐng)域迅速適應(yīng)感染癥領(lǐng)域,并能夠為新型冠狀病毒感染癥的應(yīng)對提供支持,感到非常振奮。我們的AI和生物信息平臺,不僅可以守護全球人類,而且對于現(xiàn)在和將來可能發(fā)生的新型冠狀病毒的多種變異版本,還能夠設(shè)計出可引發(fā)以長期記憶免疫反應(yīng)等廣泛免疫反應(yīng)的疫苗,這是一種很大的鼓勵!

NEC歐州研究所數(shù)據(jù)科學(xué)與系統(tǒng)平臺部門總經(jīng)理Saverio Niccolini博士表示:“我們原本是為預(yù)測各個癌癥患者的免疫反應(yīng)而設(shè)計的算法,應(yīng)用到了大規(guī)模的感染癥群體。我們算法中的計算機驗證(in silico驗證)考慮到了人類在整個大陸的遺傳背景。目前,全球正受到日益擴大的新型冠狀病毒感染癥的威脅,我們的成果顯示了為阻止這一威脅的全球舉措做出貢獻的可能性,這是非常重要的。我們已開始與合作伙伴就wet-lab實驗進行協(xié)商,正在為開發(fā)出對全球多數(shù)人群有效的疫苗而邁出重要的一步!

論文信息

標題:

Artificial intelligence predicts the immunogenic landscape of SARS-CoV-2: toward universal blueprints for vaccine designs

作者:

Brandon Malone, Boris Simovski, Clément Moliné, Jun Cheng, Marius Gheorghe, Hugues Fontenelle, Ioannis Vardaxis, Simen Tenn?e, Jenny-Ann Malmberg, Richard Stratford, Trevor Clancy

(注1)T細胞反應(yīng):T細胞是白血球中的一種免疫細胞,激活T細胞的反應(yīng)為T細胞反應(yīng)。

(注2)總部:挪威奧斯陸、CEO:Richard Stratford。

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